脑子缺根弦儿的九能带刀（鈴置洋孝 饰）路过邪马台古董店，在店内看到了极为珍贵的凤凰蛋。传说只要拥有这枚蛋，便可领会到威力无比的魔剑凤凰剑。为了打败宿敌乱马（山口勝平 饰），成为至高无上的强者，九能强买下凤凰蛋。
故事围绕着世界上最强的武器——无限Stratos展开，这种武器只能由女性使用。在一个女尊女卑的世界里，主人公“一山编织者”虽然是男性，但却能够操纵is。因此，他被迫进入培训is操作员的学校“is学院”。
６人は転校前に「タイムカプセルを埋める約束」をするものの、 結局その約束を叶える事が出来ないまま離ればなれになってしまう。 そして４年後、成長してそれぞれの日常を送っていた。 それぞれに悩みや不安を抱えて、日々を過ごしていたある日 そんな彼女等にある奇跡が起こる・・・・・
